如果把所有进入人体的细菌、病毒等危险物质看作是“敌人”，那人体免疫和疾病的关系可总结为三个层面：第一，认不出“敌人”，第二，把“友军”错当成“敌人”，第三，打不过“敌人”
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层面一：认不出“敌人”
要想杀“敌人”，第一步就得先认出哪个是“敌人”。但是未必那么容易，“敌人”很狡猾。比如流感病毒。这种病毒为了逃避人体免疫，会不断变换自身表面的H蛋白。H蛋白就是一种辨别物质，H蛋白变了，人体免疫受到了“伪装”的迷惑也就认不出“敌人”来了。
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层面二：把“友军”错当成“敌人”
当免疫系统出现自身紊乱，同样会出麻烦，错把“友军”当“敌人”，且更难治愈。正常情况下，人体有一套严格的识别机制，防止免疫细胞误伤自己人。但是，有时候这种识别机制紊乱了，就会带来很多种疾病，而且大多是疑难病，比如自身免疫病（红斑狼疮/强直性脊柱炎/类风湿关节炎等）。人类自身免疫病有100多种，机理都是人体免疫不断攻击自身的细胞。
把“友军”当“敌人”，除了会引起自身免疫病，还会带来过敏。过敏就是免疫系统把本来无害的物质辨别为“敌人”，产生过度的反应。如过敏性鼻炎、哮喘、荨麻疹、湿疹都是过敏的临床表现。
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层面三：打不过“坏人”
免疫和疾病关系的第三个层面：即使能够认出“敌人”来，但是有心无力打不过，这就是免疫功能低下。比如艾滋病、白血病、糖尿病、尿毒症等。这些病有的是免疫细胞的数目减少，有的是功能降低。不论是什么情况，总之就是认出了“坏人”，但是打不过。对于癌症，有时候是认不出来“坏人”，但有时候，即使认出来了，癌细胞也会释放一些物质麻痹免疫细胞，让免疫细胞的杀伤能力大大降低。可以说，人类所有的疾病都和人体免疫有关。
